屋顶绿化施工应严格按照总体设计要求及屋面种植作业标准工序进行施工，施工前应通过图纸会审，明确细部构造和技术要求，并编制施工方案。施工操作应做到工序合理，采取必要的安全防护措施。施工不得损坏原有的建筑屋面及屋面上的设施，禁止在防水层、排水层上方凿孔、打洞或重物冲击。栽种乔木或灌木时，不得因挖掘种植土而伤害排水层和防水层；施工铺设预埋水电通讯管线须在防水层上，不得损坏防水层。屋面堆筑假山、水池、花架、花台、景石、水电管线等均不得打开和破坏原屋面防水层。

屋顶绿化防水层应根据设计的防水材料性能特点采用相应的工法施工。当选用卷材防水时，耐根穿刺防水层应放在普通卷材防水层上面，并应采用热熔施工，确保两者粘结牢固；耐根穿刺防水卷材与普通防水材料不能复合时，可空铺施工。防水层应向种植池、花台及屋面设施延伸，泛水应至少高出种植土150mm。屋顶花园中防水层、耐根穿刺层和排水层一起组合形成了排水板系统，现阶段科技已经生产研发了耐根穿刺型的排水板，这种排水板不仅耐根穿刺功能好，而且蓄排水功能更好。这样不仅为屋顶绿化项目节省了经费开支，而且蓄排水耐根穿刺效果更佳。